Penyelenggaraan FETP di Indonesia dimulai pada tahun 1982 dan pendiriannya didukung oleh U.S. Centers for Disease Control. Indonesia merupakan negara ke empat di dunia yang menyelenggarakan FETP setelah Amerika Serikat (CDC Atlanta), Kanada, dan Thailand. Pengelolaan FETP saat itu dilakukan oleh Direktorat Jenderal Pencegahan dan Pemberantasan Penyakit Menular (Ditjen P3M). FETP merupakan suatu program magang (internship program) dengan masa pelatihan selama 2 tahun. Jumlah peserta pelatihan per angkatan sekitar 5 – 6 orang, yang kebanyakan dokter dan Sarjana Kesehatan Masyarakat (SKM). Pada saat itu, para peserta pelatihan memperoleh beasiswa dari World Health Organization (WHO).

Setelah menyelenggarakan empat angkatan dengan metode magang tanpa melibatkan universitas sampai tahun 1985, minat calon peserta pelatihan untuk mengikuti pelatihan di FETP semakin berkurang. Untuk mengantisipasi hal itu, Ditjen P3M kemudian melakukan kerjasama dengan Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia (FKM UI) untuk menyelenggarakan pendidikan FETP dengan gelar setingkat magister.

Untuk memperluas daya tampung, pada tahun 1990, Direktorat Jenderal P3M juga melakukan kerjasama dengan Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada (FK UGM) di Yogyakarta, untuk menyelenggarakan pendidikan FETP. Dalam penyelenggaraan kerjasama ini, FKM UI dan FK UGM melaksanakan kegiatan akademis untuk mencapai kompetensi yang telah ditetapkan oleh Direktorat Jenderal P3M, termasuk teknis pembelajaran, yang mempunyai komposisi satu semester di kelas (kampus) dan diikuti tiga semester kegiatan lapangan. Sekitar tahun 1995, bantuan beasiswa dari WHO yang dialirkan melalui Ditjen P3M dihentikan, oleh karena itu, Ditjen P3M tidak lagi mempunyai kendali terhadap proses pembelajaran FETP di FKM UI dan FK UGM. Akan tetapi, mengingat pentingnya profesi epidemiologi lapangan (field epidemiologist) bagi pembangunan kesehatan di Indonesia, FKM UI dan FK UGM tetap melaksanakan pendidikan FETP hingga saat ini.

Pada tahun 1997 – 2002, Direktorat Jenderal P3M melaksanakan proyek Intensified Communicable Disease Control (ICDC). Salah satu komponen proyek tersebut adalah pendidikan ahli epidemiologi lapangan setingkat strata dua. Mengingat FKM UI dan FK UGM tidak mampu memenuhi kebutuhan jumlah lulusan FETP seperti yang diminta oleh proyek ICDC, maka FK UNAIR diminta oleh Ditjen P3M untuk terlibat dalam Pendidikan FETP ini. Di FKM UI dilaksanakan dalam dua program paralel.

Pada tahun 2007, Departemen Kesehatan RI, melalui Direktorat Jenderal Pengendalian Penyakit dan Penyehatan Lingkungan (Ditjen P2PL) menginisiasi suatu program untuk merevitalisasi FETP di Indonesia, dengan dukungan dari WHO Indonesia Office. Program ini bertujuan untuk mengembalikan pendidikan FETP kepada tujuan semula, yakni saat dibentuk pada tahun 1982, serta meningkatkan mutu lulusan, sesuai kompetensi yang diakui secara internasional. Langkah pertama yang dilakukan adalah melakukan penilaian terhadap penyelenggaraan FETP di Indonesia (FKM UI dan FK UGM) yang dilakukan oleh reviewer eksternal. Selanjutnya, Ditjen P2PL, PPSDM, FKM UI, dan FK UGM membuat sistem rekrutmen, proses pendidikan, dan kegiatan supervisi yang lebih sistematik dan berkualitas.

Dalam upaya untuk meningkatkan jumlah lulusan FETP, maka dilakukan ekspansi penyelenggaraan FETP di universitas lainnya seperti Universitas Airlangga (tahun 2014), Universitas Udayana (tahun 2016), Universitas Hasanuddin (tahun 2017), Universitas Diponegoro (tahun 2023), dan Universitas Andalas (tahun 2024).

Diharapkan, secara kuantitatif, dalam jangka pendek, seluruh program kesehatan masyarakat di Kementerian Kesehatan RI memiliki lulusan FETP, dan dalam jangka panjang, seluruh dinas kesehatan kabupaten/kota, dinas kesehatan provinsi, serta unit-unit pelaksana teknis terkait memiliki lulusan FETP. Secara kualitatif, diharapkan para lulusan FETP Indonesia mampu berperan dalam upaya-upaya kesehatan masyarakat baik di tingkat nasional, di tingkat kementerian atau instansi lain yang memerlukan staf berkompetensi epidemiologi lapangan, maupun di tingkat internasional.